1、生物反应工程方向：包括生化工程团队和生物质化学品团队，方向带头人为贾士儒教授和刘浩教授；
2、现代酿造技术方向：包括现代酿造技术团队Ⅰ和Ⅱ，方向带头人为肖冬光教授；
3、酶与生物催化工程方向：包括应用微生物与酶工程团队和微生物制药团队，方向带头人为路福平教授和王敏教授；
4、代谢工程方向：方向带头人为陈宁教授；
5、生物制药方向：包括分子药理学团队和基因工程药物与分子细胞生物学团队，方向带头人为张同存教授和刁爱坡教授；
6、药物化学方向：包括药物合成与设计团队和中药生物工程团队，方向带头人为郁彭教授。